Die Verbände kritisieren, dass Verwaltung und Politik die Gewässer ausschließlich aus dem Blickwinkel betrachten, Boots- und Schiffsverkehr zu verstärken. Weder der Gesamtplan noch Abschnitte oder Einzelprojekte sowie Folgen der Umsetzung stehen wirklich zur Debatte. Da andere Entwicklungslinien gar nicht betrachtet werden, ist konstruktives Arbeiten an gemeinsamen Lösungen unmöglich. Unter diesen Umständen sehen die Verbände es als nicht zielführend an, weiterhin am Runden Tisch teilzunehmen.
Die Gewässerentwicklung ist mittlerweile durch teure Großprojekte und teilweiser Überlastung infolge intensiver Bootsnutzung geprägt. Der angestrebte weitere Ausbau für Motorboote verschärft auch die Konflikte mit Sport und Naherholung, ohne dass günstige Alternativen für einen sanften Tourismus geprüft werden. Die Leipziger Verbände fordern, das WTNK in ein naturschutzfachliches Gesamtkonzept für die Auenlandschaft einzuordnen und Nutzungskonflikte proaktiv zu reduzieren. Wenn nur einseitige Interessen verfolgt werden, wird eine lebendige und nachhaltige Gewässerlandschaft nicht gelingen.
Zeitgleich zum Runden Tisch werden eifrig Fakten geschaffen und Projekte vorangetrieben. So wurden im Zuge des Kohleausstiegs WTNK-Projekte für circa 400 Millionen Euro bei der Bundesregierung angemeldet (unter anderem Elster-Saale-Kanal, Wasserschlange Markkleeberg), obwohl beim Struktur-, Energie- und Mobilitätswandel ganz andere Aufgaben zu stemmen sind. Bürgerumfragen zum Motorbootverkehr oder das Beteiligungsverfahren zum Pleißemühlgraben im Bereich der Feuerwache zeigen, dass Bürgervoten und gute Argumente wenig Berücksichtigung bei den Entscheidungsträgern finden.
Die Umweltverbände sowie Pro Leipzig werden die Fortschreibung des WTNK nach ihrem Rücktritt weiterhin kritisch begleiten und konstruktive Vorschläge erarbeiten, auch im Kontext des von ihnen geforderten Genehmigungsverfahrens mit Öffentlichkeitsbeteiligung.